Supaya hati mereka terhibur dan mereka bersatu dalam kasih, sehingga mereka memperoleh segala kekayaan dan keyakinan pengertian, dan mengenal rahasia Allah, yaitu Kristus, sebab di dalam Dialah tersembunyi segala harta hikmat dan pengetahuan.
Kolose 2:2-3
Pada tanggal 7 Oktober 1996, Majelis GKKK Yogyakarta mendirikan dan membentuk Badan Pengurus Yayasan Kalam Kudus Indonesia cabang Yogyakarta (selanjutnya disingkat YKKI cabang Yogyakarta) dengan ketua Pdt. Hendra Arifin.
Pada tanggal 29 Oktober 1996, dilaksanakan peresmian SKKK Yogyakarta oleh Ketua YKKI Pdt. Jimmy Singal. Tanggal tersebut ditetapkan oleh Badan Pengurus YKKI Cabang Yogyakarta sebagai Hari Jadi SKKK Yogyakarta.
Kegiatan belajar mengajar dimulai dengan Kelompok Bermain (KB), dengan meminjam gedung GKKK Yogyakarta sebagai tempat untuk aktifitas KB, dengan 15 anak. KB A dipimpin Ev. Astuti, S.Th. (lulusan SAAT).
Selanjutnya dibuka pendidikan Taman Kanak-kanak, dimulai dengan 5 anak dan dua orang guru. Guru pertama SKKK Yogyakarta adalah Ibu Zita Christiana Siagawati, A.Ma., yang mulai bertugas pada Juni 1997, selanjutnya Ibu Agnes Purwiyatmi, S.Pd.
Kepala TK-SD SKKK Yogyakarta pertama adalah Ibu Irawati Irwanto, A.Ma. yang mulai bertugas pada bulan April 1999. Beliau menjabat sebagai kepala TK-SD SKKK Yogyakarta adalah atas permintaan YKKI Cabang Yogyakarta, dan atas dorongan Pdt. Jimmy Singal untuk membantu YKKI Cabang Yogyakarta. Beliau melaksanakan tugasnya dengan baik, sampai pada tahun 2004 beliau kembali menjadi guru di SKKK Solo
Pada tahun 2001, GKKK Yogyakarta membeli sebidang tanah seluas 4472m2, beralamat di Jalan Jambon No. 41 Yogyakarta.
Pada tanggal 20 Februari 2002 Ketua YKKI, Pdt. Jimmy Singal, melaksanakan peletakan batu pertama pembangunan gedung SKKK Yogyakarta. Dana pembangunan dari jemaat GKKK Yogyakarta serta simpatisan.
Pada tanggal 14 September 2002, Ketua YKKI, Pdt. Jimmy Singal, melaksanakan kebaktian persembahan gedung Taman Kanak-Kanak SKKK Yogyakarta.
Pada tahun 2004, Tuhan menyediakan Ibu Lily Halim, S.Pd. sebagai kepala SD SKKK Yogyakarta; untuk melanjutkan karya dari Ibu Irawati Irwanto yang kembali ke SKKK Solo.
Pada tanggal 19 Agustus 2005, Ketua YKKI – Pdt. Jimmy Singal, penasihat YKKI – Pdt. Peter Wongso, memimpin kebaktian persembahan gedung SD dua lantai beserta aula. Pdt. Peter Wongso menyampaikan khotbahnya. Murid SKKK saat itu sudah berjumlah 293 anak.
Pada tahun 2010, YKKI Cabang Yogyakarta membeli sebidang tanah seluas 2.600m2, beralamat di Jambon IV RT01 RW 01, Yogyakarta. Atas anugerah Tuhan, segera dibangun gedung SKKK untuk SMP. Akhir tahun itu juga gedung SKKK selesai dibangun. Kepala sekolah SMP yang pertama adalah Ibu Astuti Asmani, S.Pd.
Puji syukur atas anugerah Tuhan, SKKK Yogyakarta, mulai dari membangun gedung TK, SD, sampai SMP, semua dibangun oleh Ir. Hermanto Wijaya, jemaat GKKK Yogyakarta, yang juga adalah ketua YKKI Cabang Yogyakarta. Majelis GKKK Yogyakarta serta BP YKKI Cabang Yogyakarta mempercayakan insinyur muda tersebut yang mempunyai reputasi baik di kalangan masyarakat untuk membangun semua gedung SKKK. Beliau membaktikan dirinya untuk melaksanakan semua pembangunan tersebut.
Sekarang SKKK berada di 28 kota terdiri 32 unit SKKK. Di Jakarta terdapat 5 unit SKKK. SKKK tertua ada di Kota Malang (berdiri 1953). Jumlah murid SKKK di seluruh Indonesia berjumlah 22.040 anak (catatan 2016/2017).
Disalin dari tulisan Pendeta (Emeritus) Hendra Arifin – Buku Kenangan 50th GKKK Yogyakarta.