SKKK Yogyakarta menyelenggarakan beragam ekstrakurikuler, mulai dari jenjang KB/TK, SD, hingga SMP.
Dari sisi keikutsertaan, terdapat dua macam ekstrakurikuler, yaitu:
- Ekstrakurikuler Wajib: semua murid wajib ikut.
- Ekstrakurikuler Pilihan: murid boleh memilih yang diminati.
Dari sisi pembiayaan, terdapat dua macam ekstrakurikuler, yaitu:
- Ekstrakurikuler yang tidak berbayar: biaya ditanggung oleh sekolah, sehingga murid/orang tua tidak perlu mengeluarkan biaya.
- Ekstrakurikuler berbayar: biaya ditanggung oleh murid/orang tua.
Berikut ekstrakurikuler yang diselenggarakan di SKKK:
| Wajib | Pilihan | |
| KB/TK* | 1. Mandarin 2. Bahasa Inggris (Pearson) 3. Angklung 4. Menari 5. Lasy 6. Drawing | Tidak Ada |
| SD | Pramuka (Kelas 1 – 5) | 1. Basketball by Samudra (berbayar) 2. Futsal by Wolves (berbayar) 3. Robotik by Autobot (berbayar) 4. Coding by KodeKiddo (berbayar) 5. English by ILP-International Language Program (berbayar) 6. Bulu Tangkis 7. Modern Dance 8. Tari Tradisional 9. Grafis (Kelas 4-5) 10. Gambar Ilustrasi (Kelas 1-2) 11. Melukis (Kelas 3-5) 12. Paduan Suara 13. Art and Craft |
| SMP | Pramuka (Kelas 7 dan 8) | 1. Basketball by Samudra (berbayar) 2. Coding by KodeKiddo (berbayar) 3. English by ILP-International Language Program (berbayar) 4. Mandarin Club 5. English Club 6. Cooking Class 7. Fotografi 8. Modern Dance 9. Futsal 10. Vokal 11. Musik 12. Video dan desain 13. Art and Craft Batik 14. Catur Pilihan untuk kelas 9 (untuk Semester 1): 1. Basket 2. Vokal 3. Musik 4. Desain Grafis 5. Dance Modern |