SKKK Yogyakarta menyelenggarakan beragam ekstrakurikuler, mulai dari jenjang KB/TK, SD, hingga SMP.
Dari sisi keikutsertaan, terdapat dua macam ekstrakurikuler, yaitu:
- Ekstrakurikuler Wajib: semua murid wajib ikut.
- Ekstrakurikuler Pilihan: murid boleh memilih yang diminati.
Dari sisi pembiayaan, terdapat dua macam ekstrakurikuler, yaitu:
- Ekstrakurikuler yang tidak berbayar: biaya ditanggung oleh sekolah, sehingga murid/orang tua tidak perlu mengeluarkan biaya.
- Ekstrakurikuler berbayar: biaya ditanggung oleh murid/orang tua.
Berikut ekstrakurikuler yang diselenggarakan di SKKK:
| Wajib | Pilihan | |
| KB/TK* | 1. Mandarin 2. Bahasa Inggris (Pearson) 3. Angklung 4. Menari 5. Lasy 6. Drawing | Tidak Ada |
| SD | Pramuka (Kelas 1 – 5) | 1. Basketball by Samudra (berbayar) 2. Robotik by Codero (berbayar) 3. Coding by KodeKiddo (berbayar) 4. English by ILP-International Language Program (berbayar) 4. Bulu Tangkis 5. Modern Dance 6. Tari Tradisional 7. Grafis (Kelas 4-5) 8. Gambar Ilustrasi (Kelas 1-2) 9. Melukis (Kelas 3-5) 10. Paduan Suara 11. Art and Craft |
| SMP | Pramuka (Kelas 7 dan 8) | 1. Basketball by Samudra (berbayar) 2. Coding by KodeKiddo (berbayar) 3. Mandarin Club 4. English Club 5. Cooking Class 6. Fotografi 7. Modern Dance 8. Futsal 9. Vokal 10. Musik 11. Video dan desain 12. Art and Craft Batik 13. Catur Pilihan untuk kelas 9 (untuk Semester 1): 1. Basket 2. Vokal 3. Musik 4. Desain Grafis 5. Dance Modern |